המבנה הניהולי של איראן בהיותה זורואסטרית כלל חלוקה לאוספים של כפרים, כאשר בראש כל אחד מהם עמד פחוה או דהקאן, אשר אחראי על קבוצת הכפרים בפני השלטון המרכזי. עם עליית השיעה, את מקומו של הדהקאן תפס איש דת אשר תפקד כראש הכפר. הוא נקרא אמאם אלג'מעה (האמאם של יום שישי). עבור הכפריים, זוהי הדמות הדתית הסמכותית ביותר. הוא אחראי על החינוך, נושא דרשות ומנהל את התפילות, בעיקר את זו של יום שישי. כל האמאמים הללו קשורים ישירות לאמאם הגדול של המחוז. כך נוצרה רשת של שליטה שיעית על האוכלוסיה. השליטה השיעית הזו קיימת במידה רבה עד לימינו אנו. תוך כדי עלייתה של השיעה באיראן, מתרחש בה תהליך משמעותי.
מהמאה ה-16 ועד למאה ה-18, לצד הממסד הפרסי, קמה בעיר אספאהאן אקדמיה של מלומדים המכונה חכמת אללה. מדובר בקבוצות שישבו ודנו בעניינים תיאולוגיים ופילוסופיים. הם דיברו על ידע שאיננו מגיע רק מלימוד, אלא גם ממה שכינו "אשראק" (הארה), כוח של התגלות פנימית שאינו קשור רק בלימוד, אם כי הלימוד מסוגל לעודד אותו. הם גם עסקו במערכת היחסים בין האל לבין הבריאה. את הידע שנובע מהארה ולא מלימוד או מספר כינו "עלם".
בסביבות שנת 1790, מופיע בעיראק מלומד מאזור שנקרא אלאחסא', הצד המערבי של המפרץ הפרסי (כווית של היום), המכונה שיח' אחמד אלאחסאא'י. התנועה שקמה לאחר מכן על שמו מכונה שיח'יה. מדובר בשיעי שהכיר היטב את הספרות השיעית ואת הפעילות האינטלקטואלית. כשהגיע לאזור כרבלאא', אסף סביבו קבוצת תלמידים, ביחד דנו בסוגיות המרכזיות בעולם השיעי, כאשר הסוגיה המרכזית היתה ההתגלות האלוהית. שיח' אחמד פותר את הבעיה בכך שטוען שהמציאות (וג'וד) אינה מונוליטית, אלא בעלת לפחות 3 חלקים, האלוהות האינסופית, האלוהות המתגלה והבריאה. הוא מתאר את הבריאה ואת האלוהות האינסופית כיבשות נפרדות, כאשר לשון ים המכונה "הרקליא" מחברת ביניהן לעתים. כיוון שהיה מלומד גדול, הממסד השיעי ביקש שיגיע לאיראן כדי ללמוד ממנו. אך כאשר טען שהאמאם השיעי לא נמצא בעולם אלא בהרקליא, דעתם השתנתה והם רדפו אותו.
לאחר מותו של אחסאא'י, המשיכו את דרכו קבוצת מאמיניו, ובראשם סיד קאזם אלרשדי. הוא הדגיש, כמו קודמו, את הערצת האמאמים, ובעיקר את הציפיה להופעתו של האמאם הנעלם. הוא פעל בין 1826-1846, וסביבו התאספה חבורת תלמידים שפיתחו את תורתו של אחסאא'י ויצרו את תנועת ה"שיח'יה". דרגתו של אחסאא'י הועלתה, כך שהוא נחשב למקשר בין שני העולמות, העולם הארצי והעולם המלכותי.
המנהיג השני של הדת הבהאא'ית הוא נביל זרנדי, אשר כתב בפתקים את כל ידעו על הדת הבהאא'ית. בשנת 1892, כשבהאא' אללה מת, זרנדי כה הצטער על מותו בעכו, שהלך לים והטביע את עצמו. הוא השאיר אחריו את אוסף הפתקים שלו.
המנהיג השלישי של הדת הבהאא'ית הוא שוח'י (שוגי) אפנדי. הוא אסף את מכתביו של זרנדי, הוציא מהם את מה שיכל, ותרגם אותם לאנגלית. זהו הסיפור העומד בבסיס התפתחותה של הדת הבהאא'ית החדשה.
התקופה הראשונה של הידע הגלוי (ט'אהר) הסתיימה לאחר העברת הקוראן ע"י מחמד לבני האדם, ואילו כעת, בשנת 1200 עם מותו של אחסאא'י, התחילה התקופה השנייה, המתאפיינת בידע הפנימי (בטן), כלומר הידע של השיח'יה. הידע החדש הזה הולך ומתפשט וקונה מאמינים נוספים. בעיר קזוין שבפרס מופיעה משוררת בשם פאטמה, אשר כונתה גם זרין טאג' (כתר הזהב), כרה אלעין וכן אלטאהרה (הטהורה). היא מגיעה ממשפחת מלומדים שיעים חשובים, נישאה למלומד וילדה שלושה ילדים. היא התעניינה בנושאים התיאולוגיים של אותה התקופה, התכתבה עם שיח' קאזם והגיעה לעיראק לבדה, ללא ליווי של גבר ממשפחתה, דבר חריג ביותר. היא הצטרפה לתלמידיו של קאזם (שמעה אותם כשישבה מאחורי וילון).
בין תלמידיו של קאזם היה בחור צעיר שהגיע מהעיר שיראז ושמו עלי מחמד שיראזי. הוא נולד בשנת 1819 וגדל בבית של סוחרים. אביו ואמו מתו בצעירותם, כך שגודל ע"י דודיו מצד אמו. כבר כשהתחיל לקרוא, החל להתפלל ולהזכיר את סבו. בגיל 16 הוא נשלח לעיר בושהר שנמצאת על המפרץ הפרסי, כדי לנהל את תחנת המסחר שהיתה בבעלות המשפחה. בשלב מסוים הוא עלה לרגל למכה והחליט להפסיק לעסוק במסחר. הוא מגיע לעיראק כדי ללמוד מקאזם רשדי. בתקופה זו, הוא מצא חן בעיני קאזם ויתר התלמידים. קאזם גילה בו את "התכונות המיוחדות". יום אחד דיבר קאזם על האמאם הנעלם ונשאל ע"י תלמידיו היכן הוא. קאזם ענה שהדבר ברור "כאור השמש הזה". הטענה היא שבאותו הרגע הופיעה קרן אור שהבהירה את דמותו של שיראזי. כעבור זמן מה, הוא עוזב את עיראק, חוזר לשיראז מולדתו ומתחתן שם עם אישה צעירה בשם ח'דיג'ה. השנה היתה 1844, "שנת המאורעות הגדולים", כיוון שבה מת קאזם רשדי, והשיח'יה נוטשת את עיראק וממשיכה לפעול כקבוצה עצמאית בתוך השיעה, בעיקר בדרום איראן. תלמידיו של קאזם עוסקים בדבר אחד – איך ניתן למצוא את האמאם הנעלם? זאת מפני שלא מדובר רק בשנת מותו של קאזם, אלא גם בציון 1000 שנים מאז היעלמותו של האמאם (1260 להג'רה).
שיראזי מתחיל להיות משוכנע שיש בו את כל האמת הפנימית והיד הסודי שעליהם דיבר קאזם. תללמידיו של קאזם נפוצו לכל עבר, כיוון שבצוואתו ביקש לצאת לחפש "אותו" (את האמאם). מאז שנת 1724, שולטת בפרס השושלת הקג'ארית התורכית במוצאה. עם זאת, בחצרה יושבים אנשי הממסד השיעי, אשר שולטים גם ברשת עצומה של אמאמים. בשנת 1844, מי ששולט הוא אדם בשם מחמד שאה שהיה חולה מאוד. את ענייני החצר ניהל ראש ממשלתו, אשר נקרא מירזא חג'י אע'אסי. הארץ היתה מוכת שחיתות, לאנשי המשטר היתה משטרה פרטית, והם עשו ככל שביכולתם על מנת להשתלט על כל מוסדות השלטון. המדינה היתה בשפל כלכלי עצום, ופקידות הממשלה לקחה את כל מה שנשאר. הבריטים, הצרפתים, הגרמנים והרוסים ניסו "לנגוס" במדינה ולקבל זכיונות להקמת מסילות ברזל, קווי טלגרף וכדומה. כלומר, המצב הקשה של המדינה תרם עוד יותר לציפייה לבואו של משיח שיוכל להציל אותה.