כאשר התחילו לקרוא את הקוראן ולנסות להבין ולפרש אותו, התחילה להיווצר מערכת פרשנית ועמה גם שאלה גדולה – האם בן אדם יכול לפרש את דברי האל? קבוצה גדולה טענה שהנביא העניק לבני האדם את הקוראן והם מוסמכים לפרש אותו, גם אם בזהירות. זה מכונה אג'תהאד – המאמץ האישי של האדם לפרש את הקוראן. תפיסה אחרת טענה שבן אדם לא יכול לפרש את דברי האל, בשונה מהנביא שהוא היה ממונה על הבאת הדברים לבני האדם. לאחר מותו של הנביא, יש למצוא אדם בדרגה שווה לו של הנביא, אשר בסמכותו לפרש את הדברים. הוא לא מביא דברים חדשים מהאל, אלא רק מפרש את הדברים. לא מדובר רק בפירוש מילולי של טקסט, אלא בהנהגת האומה ובקביעת אורח חייה. הוויכוח הזה התקיים גם ביהדות בסיפור "תנורו של עכנאי", בו קבעו המאמינים כי פירוש ההלכה מתבצע בידי בני האדם. כשם שביהדות משפחתו של דוד המלך נבחרה ע"י האל וממלא מקומו יהיה צאצאו, כך באסלאם משפחת הנביא מחמד היא הנבחרת, ולכן מי שימלא את מקומו הוא עלי אבן אבי טאלב. כך קמה קבוצה קטנה של אנשים, חבריו הקרובים של עלי, אשר ראו בו האדם המוסמך להחליף את הנביא, ולכן נקראה סיעה, שיעה. הם עדיין לא מערערים על מעמדם של הח'ליפים הסונים, אך נצמדים לדמותו של עלי. הביטוי ח'ליף, בשלב זה, היה שנוי במחלוקת כיוון שלא יתכן אדם שיחליף את הנביא, ולכן נעשה שימוש בעיקר במונח "אמיר אלמא'מנין".
בסופו של דבר, סיעתו של עלי הבינה שנוצרו הנסיבות להתבססותו של עלי בשלטון, כמי שהיה ראוי לכך במשך כל הזמן. הקולות החדשים של השיעה טענו ששלושת הח'ליפים הקודמים היו שליטים לא חוקיים אשר לקחו מעלי את השלטון בכוח. אלו דברים קשים שמהווים הכרזת מלחמה של קבוצה אחת על רוב רובו של האסלאם. בעיראק המצב היה תוסס, ולכן שם השיעים הציגו את עלי כמועמד לשלטון וקיבלו תמיכה. לשבטים הערביים בעיראק היה אינטרס לקבל את מעמד הבכורה, וכך נוצרה קבוצת השיעה שעומדת מאחורי עניין הבחירה האלוהית של המנהיג (בשונה מבחירת העדה אצל הסונים). כך נקבעו מאפייניו של הנביא כאור מיוחד שהגיע מהנביא, נכנס לגופו של עלי ועובר הלאה. זה אומר שהשיעה טוענת שהמעמד המשיחי המיוחד עובר בירושה, דבר שלא נאמר קודם לכן. זאת כיוון שהמעמד המשיחי של ראש הגולה עבר גם הוא בירושה. כמו שאצל היהודים רק נביא יכול להיות מלך, גם באסלאם רק קרוב משפחתו של נביא, שהאור עבר דרכו, יכול להעביר את האור הלאה. רעיון המשיחיות ההנהגתית היה דבר חדש באסלאם. מה שמוביל את העדה השיעית החדשה שנוצרה הוא רעיון הבחירה האלוהית את מנהיג האומה, תפקיד שעובר בירושה דרך קרובי המשפחה של הנביא.
לעומת הסונה, לפיה "שערי האג'תהאד" נסגרו ולא ניתן עוד להוסיף פרשנות על דברי הקודש, לפי השיעה הפרשנות עודנה קיימת והיא באה לידי ביטוי בדמותם של האמאמים הנמצאים בקשר רציף עם האל שמעביר דרכם פרשנויות שמתאימות לאורך כל הזמן את דברי הקודש לנסיבות. כשהאמאמים מופיעים בעולם, הם מופיעים בדמות אנושית כבני אדם, אך גופם הוא כלי בלבד שאליו נכנסת ההשפעה האלוהית. דמות האדם אינה חשובה והיא יכולה להיעלם בכל זמן, והיא מופיעה כצאצא של עלי. לאחר שההשפעה האלוהית עברה מעלי לחסן וחסין, היא עברה אך ורק לאורך בניו של חסן. בעוד שהאסלאם הסוני שואב את כוחו מחצי האי ערב (ובעיקר מכה ומדינה), המרכזים הרוחניים החשובים של השיעה נמצאים בעיראק, שם גם חלה ההתפתחות החשובה שלה.
יש לזכור שכל האמאמים השיעים היו נתונים לפיקוח הדוק מצד השלטונות העבאסיים, כך שאפילו לא הכירו את מאמיניהם. האחרונים ידעו שקיים אמאם חי ושהוא בנו של האמאם הקודם, וכן ידעו את שמו. כלומר, החל מהאמאם ה-6, הבאים בתור היו נסתרים – ידעו שהם קיימים אך לא ראו אותם (פרט לאמאם ה-8 שהוזמן ע"י הח'ליף אלמא'מון לאיראן). הרעיון שהאמאם נסתר ולא ניתן לראות אותו הפך למושג מרכזי בתפיסה השיעית. הסתרת האמאם, יש לציין, לא נעשתה מרצונו, אלא מאילוצים שנבעו מרדיפה פוליטית. זה יוצר מצב שלצד הסונה של הנביא, נוצרת סונה גדולה אף יותר, הסונה האמאמית – כל דברי האמאמים שהם היסוד לפיתוח המחשבה האינטלקטואלית השיעית.
חסן אלעסכרי, האמאם ה-11, גוסס ומת בסביבות גיל 25. זוגתו היתה שפחה ביזנטית שטוענים שהגיעה ממשפחת המלוכה הביזנטית, נלקחה בשבי והתחתנה עמו. בנם של השניים הינו צאצא של השאה הפרסי (מסבתו שהיתה נשואה לשאה), צאצא של מלכות ביזנטיון וצאצא של מחמד. הטענה של השיעים היא שהשלטון הסוני הרעיל את חסן אלעסכרי, מה שיוצר מצב של אמאם שהוא התגלות אלוהית ומעין "קדוש מעונה". כאן השיעה נכנסת לעולם של דמויות אלוהיות מרטיריות, ובמרכזו ישו. כמותו, גם יתר האמאמים שגופם האנושי נרצח ע"י השלטון הסוני הרשע. שם בנו של חסן הוא מחמד אבן חסן אלעסכרי, ולא מחמד אבן עבדאללה כפי שהסונים מאמינים שיקרא המשיח. כשניגשים לקבור את חסן, דודו, ג'עפר, ניגש לגופה ומבקש להתפלל עליה. לפתע מופיע ילד קטן כבן 5 ומורה לדוד לצאת מהמקום כיוון שהוא זה שזכותו להתפלל על הנביא. אותו יליד, מחמד אבן חסן, מרשים את הנוכחים בדבריו ואלה מגרשים את ג'עפר ומכנים אותו ג'עפר אלכזאב (השקרן). חסן מברך את המאמינים וצועד לכיוון שער פתוח שנקרא מאותם ימים "באב אלע'יבה" (שער ההיעלמות). משם הוא נכנס למערה, המכונה "מע'ארה אלע'יבה" (מערת ההיעלמות), ממנה הוא קופץ לתוך באר הנקרא "בא'ר אלע'יבה" (באר ההיעלמות), ומאז הוא איננו. הוא לא נרצח או נפטר, אלא בוחר להיעלם ולכן מאז מכונה "אלאמאם אלמהדי", מי שיבוא באחרית הימים כדי למלא את העולם בצדק ולנקום את נקמת השיעים באויביהם הסונים, וכן להשליט על העולם את האמונה השיעית בהנהגתו. הוא יבטל את כל מה שהיה לפניו ויביא לעולם הזה חוקה אסלאמית חדשה לחלוטין.